Con l’avvento dei Franchi, le cui case regnanti erano particolarmente legate alla Chiesa di Roma, il monachesimo occidentale, nato nel VI secolo con Benedetto da Norcia ideatore della Regola, si diffuse e si consolidò sino a diventare tra il IX e il XII secolo l’elemento fondante della cultura e della civiltà europea. In questo periodo Capiate divenne feudo monastico di diritto imperiale.

Il Monastero di Sant'Ambrogio di Milano, appartenente alla Regola benedettina, tra il marzo e il maggio dell'anno 835 acquisì le terre di Capiate e di Villa Capiate, oltre a quelle delle vicine località di Greghentino e Miglianico. Papi e imperatori confermarono al Monastero queste proprietà per almeno cinque secoli (nell'elenco che segue, sono riepilogati i Diplomi di Conferma e altri documenti inerenti a Capiate, pergamene del Monastero ora custodite all'Archivio di Stato di Milano).

835 Conferma dell'imperatore Lotario

21/03/880 Conferma dell'imperatore Carlo il Grosso

21/03/880bis Conferma dell'imperatore Carlo il Grosso

30/03/880 Conferma dell'imperatore Carlo il Grosso

885 Donazione del monetiere Ambrosius

893 Elenco generale dei possedimenti del Monastero

951 Conferma dell'imperatore Ottone I 

998 Conferma di papa Gregorio V

1028 Donazione di Ariberto da Intimiano Arcivescovo

1102 Conferma di papa Pasquale II

1110 Conferma dell'imperatore Enrico V

1185 Conferma dell'imperatore Federico I

1193 Privilegio di Milone Arcivescovo

1196 Conferma dell'imperatore Enrico VI

1210 Conferma dell'imperatore Ottone IV

1251 Conferma di papa Innocenzo IV.

Capiate fu uno dei primi possedimenti del Monastero e, come tutte le altre proprietà nel tempo acquisite, fu gestito oculatamente e valorizzato promuovendone la redditività. Prima del 1028 vi era presente una cella monastica, ossia alcuni membri della comunità religiosa vissero in questi luoghi. In un documento del 1110 è menzionato per la prima volta il castrum di Capiate. Probabilmente, il Monastero provvide all'incastellamento del sito già nel X secolo, per creare strutture fortificate in grado di resistere agli attacchi degli Ungari.

Molto antica per fondazione, forse antecedente  all'acquisizione del Monastero, la Basilica di San Nazaro rappresentò per molti secoli il cuore della vita religiosa delle comunità della zona. Ancora oggi sono visibili importanti vestigia dell'edificio religioso medievale.

Le pergamene del Monastero testimoniano che a Capiate era coltivata la vite, coltura che perdurò sino al secolo XIX.

Il possesso del Monastero si protrasse fino al 1310 circa, quando tutte le terre furono acquistate dalla famiglia Della Torre.